Кремлевская сокровищница была практически полностью опустошена. Новое здание для музея возвел в Кремле в 1806-1810 гг. Конструктор И. В. Еготов - около Троицких ворот, на месте бывшего дворца Бориса Годунова. Отделочные работы продолжались до лета 1812 г. Накануне Бородинского сражения все ценности Оружейной палаты были вывезены в Нижний Новгород. Ответственность за сохранность кремлевской сокровищницы лежала на реальном статском советнике И.П.Поливанове. В 1814 г. в семи залах строения, выстроенного И.В.Еготовым, была создана неизменная музейная экспозиция.

В 1844 г. Петербургский конструктор К.А.Тон начинает у Боровицких ворот Кремля стройку нового строения, завершив его к 1851 г. В просторных залах второго этажа этого строения разместились реликвии Оружейной палаты. После Октябрьской революции музею было передано множество произведений из частных коллекций, монастырей, храмов и из Патриаршей ризницы столичного Кремля.

В конце 1924 г. Оружейная палата, носившая заглавие Музея прикладного искусства, открыла свою первую после революции выставку. Работа наистарейшего в стране музея и исследование его памятников были прерваны Великой Отечественной войной. Все коллекции Оружейной палаты в июне 1941 г. Были вывезены на Урал, где и хранились до февраля 1945 г. Летом 1945 г. Они вновь предстали перед посетителями музея.