В 1837 году императором Николаем I было принято решение о строительстве на острове военной богадельни на 15 офицеров и 402 нижних чинов для инвалидов Отечественной войны 1812 года и Кавказских войн наподобие парижского Дома инвалидов. Спустя два году главные корпуса военной богадельни были с трёх сторон пристроены к зданию Покровского собора, а на месте древних строений Государева двора построены службы. Проект этих построений принадлежал архитектору К. А. Тону. Здесь были организованы: семейный инвалидный дом для отставных офицеров и нижних чинов с женами и детьми, приют для вдов семейных инвалидов, школа для детей, призреваемых и вольнонаемной прислуги. В богадельне нашли приют 432 человека.

Николаевская богадельня просуществовала вплоть до 1917 года. А когда к власти пришли большевики, инвалидов перестали кормить. Сама богадельня пришла в упадок. Храм Покрова Божией Матери был закрыт, кресты с него сбиты. В 1922 году в храме располагался архив НКВД, после устроили овощной склад, всё внутреннее убранство храма безвозвратно утеряно.

А в 1997 году богослужения в храме возобновились. От Государева двора с деревянными хоромами, который занимал центральную часть острова, до наших дней сохранились только Передние (Восточные) и Задние (Западные) ворота, построенные в 1682 году зодчим Терентием Макаровым.