Ранее Патриарший двор состоял из множества палат, комнат, парадных залов, переходов, узких лестниц. На первом этаже располагались хозяйственные помещения, на втором – парадные залы и домовая церковь, а на третьем – покои патриарха Никона.

Очень известна Мироварная или Крестовая палата. Это был самый большой зал. Ее использовали для приготовления миро, которое использовали при крещении, коронации, освящении храмов. Так же здесь проходил прием именных гостей, и устраивались торжественные обеды. А позднее тут проходили заседания Священного синода.

После Патриарший дворец перешел во владения Синода. И многие его помещения были перестроены под нужды новых владельцев. Что очень сильно исказило интерьер здания. Был установлен новый иконостас. В последствие Патриаршие палаты не раз реставрировались.

Сейчас в здании Патриарших палат располагается Музей прикладного искусства и быта России. Эта экспозиция демонстрирует жизнь и быт того времени. В ней представлены около 1000 экспонатов. Два зала были полностью реставрированы и был воссоздан первозданный интерьер. В них можно увидеть старинные кресла, столы, сундуки и другие элементы интерьера. Здесь можно увидеть работы и русских мастеров и зарубежных. Так же старинные рукописи, украшения, посуда.